马德新是清朝后期享誉云南的回族大阿訇，完成朝觐功课的哈吉，同时也是一位赫赫有名的大学者。他幼年随父学阿拉伯文、波斯文，以及伊斯兰教经典。及长，赴陕西长安，从胡登洲四传弟子、著名经师周良骏学习伊斯兰经学，得其真传，成为经师。1841年赴麦加朝觐，后游学开罗、亚历山大、耶路撒冷、塞浦路斯、伊斯坦布尔、罗德岛、亚丁、新加坡等地，与世界各地伊斯兰学者、长老广泛接触，共同探讨“天方之学”，并搜集伊斯兰经籍，历时8年归国。归国途中，又在新加坡观察天文，研究伊斯兰历法1年，于道光二十九年（1849年）春回到昆明。后在云南临安（今建水县）、回龙、玉溪大营等回族聚居区设帐讲学，开创了经堂教育云南一派。马德新讲学期间，“四方从学之徒，星列云集”，桃李遍布云南各地，成为极受尊崇的经学大师，时人尊称为“老巴巴”。

　　咸丰六年（1856年），马德新领导滇东南回族穆斯林武装起义，与杜文秀所领导的滇西回民义军遥相呼应，反对清王朝的民族压迫。同治元年（1862年），他与另一起义领袖马如龙一起降清，被清廷先后封为“四品伯克”、“二品伯克”、“滇南回回总掌教”等头衔。但他息影林下，继续专心致志于弘扬伊斯兰文化的著述工作。同治二年（1863年），武定营参将马荣发动“灯霄起义”，刺死云贵总督潘铎，马德新被清朝当局封为“护理云贵总督”，暂时行使总督职务。同治十三年(1874年)，马德新被清廷杀害于呈贡的安江村，享年81岁。

　　马德新坚持务实的民族观、理性的宗教观、宽容的文化观，以及理想的社会历史观，集伊斯兰教正统思想与儒家中庸之道于一身。他以化解民族仇恨、谋求社会安定和民族发展为目标，积极寻求回族与汉族、伊斯兰教与儒家之间的和谐关系。他率领滇东南回民武装抗暴，以制止地方团练勾结恶绅劣官、屠杀无辜回民的恶行；他在敌我力量势均力敌时，审时度势，利用云南地方政府仇视不法团练的心理，采取妥协方式，通过切实可行的协约保护回民，维护广大回民的利益。他不赞同杜文秀毫不妥协的革命斗争，但数次派遣滇东回民支持滇西起义军；他支持马如龙与政府合作，但反对马如龙完全站在政府立场上残杀回族同胞的罪恶行径。当意识到自己既不能统领云南东西回民的反抗斗争，又无法左右整个事态的发展变化后，他悄然隐退，把主要精力放在著书立说的学术活动中，以经术化干戈，为化解回汉民族间的矛盾、为伊斯兰文化和儒家文化的相互认同寻求理论依据，以伊斯兰教的思想道德引导广大民众抑制私欲，追求良善，在“数十年中，学习渊源，遵中国之礼，引孔孟之章，译出天道人道之至理，指破生来死去之关头”。 他一方面积极弘扬伊斯兰教的文化思想，以补儒家之不足，使儒家认同伊斯兰教并尊重回族；另一方面引导广大回族民众在守护教门与回族文化传统的同时，认同并尊重儒家文化。

　　马德新对伊斯兰教和儒家文化的比较研究，在揭示两种文化本质差异性的基础上，寻求它们的共性，以促使两种文化的相互认同。为避免回族对儒家文化的一味认同而丧失自我本根，马德新高扬伊斯兰教的天道思想。他认为伊斯兰文化的特色思想――真一论、大化论、幽明与复生说等，迥异于儒家文化，但又可以补儒家之不足。伊斯兰教的天道思想无论在理论上还是在社会的教化方面，都具有积极意义。马德新又从人论、圣人观以及明德说三个方面论述人道思想。他坚持伊斯兰教的精神，同时吸收儒家学说的积极部分，充分体现了近代科学兴起后穆斯林知识分子对人的主体精神的高度肯定。他充分论述了人及人性的两重性，以“圣人说”为人们树立效法的榜样，以“明德说”引导人们消除人性中恶的、阴暗的、伪善的、不道德的一面，而显扬人性中良善的、光明的、真实的、道德的一面。

　　马德新坚持伊斯兰教正统派观点，并对神秘主义予以肯定。他从人与主的特殊关系、独特的修行方式、神秘主义体验，以及导师的重要作用这四个方面，阐述了伊斯兰教苏非神秘主义思想。马德新站在正统伊斯兰教的立场上，对伊斯兰教内部不遵守教法的极端派、以巫术邪说蛊惑众人从而骗取钱财的假先知以及受中国佛教、道教影响而失去伊斯兰教特征的派别，予以无情揭露和批判，以期清除教内的异端邪说，净化伊斯兰教的信仰阵地，从而弘扬伊斯兰教的真精神。